Stiller Reflux kann eine weite Bandbreite an Symptomen verursachen. Die Symptome von Stillem Reflux überschneiden sich mit denen anderer Krankheiten, wie Allergien und Asthma. Diese überlappende Symptomatik erschwert die Diagnose. Besonders häufige Symptome bei Stillem Reflux sind Heiserkeit und chronischer Husten.
Betroffene leiden in der Regel nur an einem Teil der möglichen Stiller Reflux Anzeichen. Oftmals haben sie eines, oder wenige Hauptsymptome. Mit der Zeit kann sich die Symptomatik zudem ausweiten, sodass unbehandelt mit der Zeit weitere Symptome des Stillen Reflux dazukommen.